Вы можете осуществлять пиринг VPC из одной учетной записи AWS в другую учетную запись AWS, настраивать ACL и обеспечивать связь Lambda между учетными записями AWS.
Вы можете использовать соответствующий AWS SDK для вызова Lambda (даже если он находится в VPC). Однако лямбда, совершающая вызов, будет нуждаться в доступе в Интернет (шлюз NAT).
Лучший способ сделать это (IMO) - связать их через SNS. Итак, вот некоторые соответствующие ссылки:
Вы можете использовать vpcs (помните, что диапазоны IP-адресов не могут перекрываться, если вы это сделаете) или выставлять лямбда-выражения с помощью шлюза api и заставлять их вызывать друг друга с помощью http-запросов.