перенумеровать остатки в файле структуры белка (pdb)

Привет
В настоящее время я занимаюсь созданием веб-сайта, нацеленного на объединение всей информации о папилломавирусах в одном месте. В рамках наших усилий мы курируем все известные файлы на общедоступных серверах (например, в генбанке) Одна из проблем, с которой я столкнулся, заключалась в том, что многие (~ 50%) всех решенных структур не пронумерованы в соответствии с белком. Т.е. был кристаллизован субдомен (аминокислоты 310-450), однако кристаллограф отложил его как остатки 1-140. Мне было интересно, знает ли кто-нибудь способ перенумеровать весь файл pdb. Я нашел способ изменить нумерацию последовательности (обозначенной seqres), однако это не обновляет информацию о спирали и листе. Буду признателен, если у вас есть предложения…
Спасибо

5
задан Stylize 12 May 2011 в 19:54
поделиться