Привет
В настоящее время я занимаюсь созданием веб-сайта, нацеленного на объединение всей информации о папилломавирусах в одном месте.
В рамках наших усилий мы курируем все известные файлы на общедоступных серверах (например, в генбанке)
Одна из проблем, с которой я столкнулся, заключалась в том, что многие (~ 50%) всех решенных структур не пронумерованы в соответствии с белком.
Т.е. был кристаллизован субдомен (аминокислоты 310-450), однако кристаллограф отложил его как остатки 1-140.
Мне было интересно, знает ли кто-нибудь способ перенумеровать весь файл pdb. Я нашел способ изменить нумерацию последовательности (обозначенной seqres), однако это не обновляет информацию о спирали и листе.
Буду признателен, если у вас есть предложения…
Спасибо