Как удалить объект из Хранилища данных механизма google App?

Вы не указали, какой API вы используете.

В Python это так :

db.delete(modelId)

В Java должно быть как (я не тестировал это):

PersistenceManager pm = PMF.get().getPersistenceManager();

MyModel entity = pm.getObjectById(MyModel.class, modelId);
pm.deletePersistent(entity);

pm.close();

В python, если вы знаете ключ, это действительно просто :

db.delete(key)