Как Вы пишете чистый URL в OpenCart с помощью их созданного в классе Маршрутизатора? Вот мой .htaccess файл:
RewriteEngine On RewriteRule ^(system) - [F,L] RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d RewriteRule .* index.php/$0 [PT,L]