Предотвращение удаления игнорируемых файлов Git

У меня есть основная ветка для локальной разработки и ветка heroku для развертывания в heroku. У меня есть файл conf, который я игнорирую и не проверяю на master, потому что он частный, но он не игнорируется в ветке heroku и был добавлен в репо, потому что серверу heroku он нужен для работы.

Проблема: я заметил что, когда я сделал git checkout от мастера к герою, он удалил мой файл conf из мастера. Файл heroku conf, должно быть, просто автоматически перезаписал тот же файл на главном сервере, и поскольку этот файл игнорировался, git не предупреждал меня, что у меня есть незафиксированные изменения, что я и сделал ... черт возьми ...

Как мне предотвратить подобные вещи? Есть ли способ получить предупреждение об этом, или, возможно, мне следует настроить способ управления вещами.