GC и память ограничивают проблемы с R

Я использую R на некоторых относительно больших данных и поражаю некоторые проблемы памяти. Это находится на Linux. У меня есть значительно меньше данных, чем доступная память в системе, таким образом, это - проблема руководящего переходного выделения.

Когда я выполняю gc (), я получаю следующий список

           used   (Mb) gc trigger   (Mb)  max used   (Mb)
Ncells   2147186  114.7    3215540  171.8   2945794  157.4
Vcells 251427223 1918.3  592488509 4520.4 592482377 4520.3

все же R, кажется, выделяет 4 ГБ в резидентной памяти и 2 ГБ в подкачке. Я предполагаю, что это - выделенная ОС память, которую система управления памятью R выделит и GC по мере необходимости. Однако позволяет, говорят, что я не хочу позволять ОС R - выделяют больше чем 4 ГБ, для предотвращения перегрузки подкачки. Я всегда мог ulimit, но затем это просто откажет вместо того, чтобы работать в уменьшенном пространстве и GCing чаще. Существует ли способ указать, что произвольный максимум для gc инициировал и удостоверяется, что R никогда OS - выделяет больше? Или есть ли что-то еще, что я мог сделать для управления использованием памяти?

5
задан bsdfish 26 July 2010 в 17:26
поделиться