Я использую R на некоторых относительно больших данных и поражаю некоторые проблемы памяти. Это находится на Linux. У меня есть значительно меньше данных, чем доступная память в системе, таким образом, это - проблема руководящего переходного выделения.
Когда я выполняю gc (), я получаю следующий список
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 2147186 114.7 3215540 171.8 2945794 157.4
Vcells 251427223 1918.3 592488509 4520.4 592482377 4520.3
все же R, кажется, выделяет 4 ГБ в резидентной памяти и 2 ГБ в подкачке. Я предполагаю, что это - выделенная ОС память, которую система управления памятью R выделит и GC по мере необходимости. Однако позволяет, говорят, что я не хочу позволять ОС R - выделяют больше чем 4 ГБ, для предотвращения перегрузки подкачки. Я всегда мог ulimit, но затем это просто откажет вместо того, чтобы работать в уменьшенном пространстве и GCing чаще. Существует ли способ указать, что произвольный максимум для gc инициировал и удостоверяется, что R никогда OS - выделяет больше? Или есть ли что-то еще, что я мог сделать для управления использованием памяти?