Как преобразовать переменную MapDataset в np.array?

Конечно, это возможно и не так сложно. Для этого вы можете использовать UDF.

import org.apache.spark.sql.functions._
import org.apache.spark.sql.types._

val df = sc.parallelize(Array(
  ("1", Array("1", "2", "3")),
  ("2", Array("1", "2", "2", "3")),
  ("3", Array("1", "2"))
)).toDF("user", "users")

val inArray = udf((id: String, array: scala.collection.mutable.WrappedArray[String]) => array.contains(id), BooleanType)

df.where(inArray($"user", $"users")).show()

Выход:

+----+------------+
|user|       users|
+----+------------+
|   1|   [1, 2, 3]|
|   2|[1, 2, 2, 3]|
+----+------------+