Как реализовать R 'r'sjust в Python

У меня есть список п-значений, и я хотел бы рассчитать регулировку P-значения для множества сравнений для FDR . В R я могу использовать:

pval <- read.csv("my_file.txt",header=F,sep="\t")
pval <- pval[,1]
FDR <- p.adjust(pval, method= "BH")
print(length(pval[FDR<0.1]))
write.table(cbind(pval, FDR),"pval_FDR.txt",row.names=F,sep="\t",quote=F )

Как я могу реализовать этот код в Python? Здесь была моя такая попытка Python с помощью Google:

pvalue_list [2.26717873145e-10, 1.36209234286e-11 , 0.684342083821...] # my pvalues
pvalue_lst = [v.r['p.value'] for v in pvalue_list]
p_adjust = R.r['p.adjust'](R.FloatVector(pvalue_lst),method='BH')
for v in p_adjust:
    print v

Приведенный выше код бросает AttributeError: «FLOAT» объект не имеет атрибута «R» . Может кто-нибудь помочь указать на мою проблему? Заранее спасибо за помощь!

18
задан drbunsen 17 September 2011 в 00:11
поделиться