Сравните только временную часть двух дат, игнорируя часть даты.

Какой хороший способ, учитывая два объекта Date, сравнить разницу только между их временными отрезками, полностью игнорируя год, месяц и день?

Это полная противоположность этого вопроса .

ОБНОВЛЕНИЕ: Вот окончательный код для использования в будущем:

private long differenceBetween(Date currentTime, Date timeToRun)
{
    Calendar currentCal = Calendar.getInstance();
    currentCal.setTime(currentTime);

    Calendar runCal = Calendar.getInstance();
    runCal.setTime(timeToRun);
    runCal.set(Calendar.DAY_OF_MONTH, currentCal.get(Calendar.DAY_OF_MONTH));
    runCal.set(Calendar.MONTH, currentCal.get(Calendar.MONTH));
    runCal.set(Calendar.YEAR, currentCal.get(Calendar.YEAR));

    return currentCal.getTimeInMillis() - runCal.getTimeInMillis();
}