Я создаю модели экологической ниши для набора видов, и я хотел бы использовать AUC в качестве показателя качества экологической ниши. Стивен Филлипс, который разработал Maxent, предоставляет в своем руководстве по Maxent код для расчета AUC в R. Однако я читаю статьи, в которых частичные отношения AUC рассматриваются как более надежный и концептуально надежный показатель. Думаю, я понимаю, как рассчитать частичную AUC с помощью пакета ROCR R, но как рассчитать соотношение AUC?
Вот учебный сценарий от Phillips:
presence<-read.csv("bradypus_variegatus_samplePredictions.csv")
background<-read.csv("bradypus_variegatus_backgroundPredictions.csv")
pp<-presence$Logistic.prediction
testpp<-pp[presence$Test.or.train=="test"]
trainpp<-pp[presence$Test.or.train=="train"]
bb<-background$logistic
combined<-c(testpp,bb)
label<-c(rep(1,length(testpp)),rep(0,length(bb)))
pred<-prediction(combined,label)
perf<-performance(pred,"tpr","fpr")
plot(perf,colorize=TRUE)
performance(pred,"auc")@y.values[[1]] #RETURNS AUC
AUC<-function(p,ind){
pres<-p[ind]
combined<-c(pres,bb)
label<-c(rep(1,length(pres)),rep(0,length(bb)))
predic<-prediction(combined,label)
return(performance(predic,'auc')@y.values[[1]])
}
b1<-boot(testpp,AUC,100) #RETURNS AUC WITH STANDARD ERROR
b1
Мы будем очень благодарны за любые советы или предложения! Спасибо.