параметры jvm -XX: + SafepointTimeout -XX: внешний вид SafepointTimeoutDelay не работает

Вероятно, вы хотите передать "a" в качестве аргумента режима.

with open("foo", "a") as f:
    f.write("cool beans...")

Существуют другие перестановки аргумента режима для обновления (+), усечения (w) и двоичного (b) режима, но начиная с только "a", это ваш лучший выбор.