Git rebase конфликт и нечего объединять?

Что означает, когда git rebase находит конфликт, но в файле нет видимой проблемы? В рассматриваемом файле нет маркеров конфликтов, а git mergetool говорит "нечего объединять".

У меня есть варианты reset или add:

# Unmerged paths:
#   (use "git reset HEAD <file>..." to unstage)
#   (use "git add/rm <file>..." as appropriate to mark resolution)
#
#   both modified:      filename.js

Как мне выяснить, в чем дело и какой путь выбрать?

git ls-files -s filename.js дает 3 строки:

100644 d2c915b1d632b8ef8fbcf056824fb7fac7824ab9 1   filename.js
100644 9010798f1d19ac712196b1fc9b0870fd332b1275 2   filename.js
100644 b3ab7ec50812c73a3ec97bf0985f3226ec13cbc8 3   filename.js

Согласно fine manual, эта команда сообщает нам биты режима, имя объекта и номер стадии. Биты режима одинаковы. Так что же такое 1, 2 и 3, и почему они "оба изменены", но не показывают маркеры конфликта?