Parallelize Solve () для Ax = b?
Перекрестно с STATS.se, так как эта проблема может охватить оба STATs.se/SO https:// stats.stackexchange.com/questions/17712/parallelize-solve-for-ax-b
У меня есть несколько чрезвычайно больших разреженных матриц, созданных с помощью функции spMatrix из пакета matrix.
Использование функции detect () работает для моей задачи Ax = b, но это занимает очень много времени. Несколько дней.
Я заметил, что http://cran.r-project.org/web/packages/RScaLAPACK/RScaLAPACK.pdf , похоже, имеет функцию, которая может распараллеливать функцию решения, однако установка новых пакетов на этот конкретный сервер может занять несколько недель.
На сервере уже установлен пакет Snow.
Итак
- Есть ли способ использовать снег для распараллеливания этой операции?
- Если нет, есть ли другие способы ускорить этот тип операции?
- Существуют ли другие пакеты, такие как RScaLAPACK? Мой поиск на RScaLAPACK, казалось, показал, что у людей было много проблем с этим.
Спасибо.
[РЕДАКТИРОВАТЬ] - Дополнительные сведения
Матрицы имеют размер примерно 370 000 x 370 000. Я использую его для определения центральности альфа, http://en.wikipedia.org/wiki/Alpha_centrality . Изначально я использовал функцию альфа-центральности в пакете igraph, но это привело бы к сбою R.
Подробнее
- Это на одной машине с 12 ядрами и 96 гигабайтами памяти (я полагаю)
- Это ориентированный граф, подобный линиям отношений цитирования в статьях.
- Расчет числа условий и плотности займет некоторое время. Буду размещать по мере поступления.
- Выполнит перекрестную публикацию на stat.SE и добавит ссылку сюда