Как провести аудит проекта Java EE?

Я должен проверить качество архитектуры кода и ремонтопригодность (в конце концов, чтобы убедиться, что у нас есть то, за что мы заплатили) веб-проект Java EE на основе JSF / CDI / EJB3.0 / JPA (просто чтобы назвать некоторые из задействованных технологий).

Возможно, здесь не место спрашивать, но как вы справляетесь с такого рода задачами? По сути, я бы перешел от крупнозернистой к мелкой, то есть от всей архитектуры к java-коду. Не лучше ли разобраться с каждым слоем полностью? Стоит ли тратить больше времени на низкоуровневые уровни?

Оцениваете ли вы все (сборка, развертывание, тестирование)?