Я столкнулся с этим, когда захотел сделать метки оси меньшими, но оставим все остальное одинакового размера. Команда, которая работала для меня, заключалась в том, чтобы поставить:
par(cex.axis=0.5)
Перед командой plot. Просто не забудьте поставить:
par(cex.axis=1.0)
После заговора, чтобы убедиться, что шрифты вернутся к размеру по умолчанию.
В моем случае: убедитесь, что ваш файл содержит хотя бы один класс перед компиляцией!