Как найти создателя договора сделки через web3

Здесь вам действительно не нужно distinct, вы можете использовать find() на Friends.id и фильтровать первый поддокумент, который соответствует Friends.id, с позиционным параметром $ :

db.user.find(
    { 'id': 'id1', 'Friends.id': 'id2'},
    { 'Friends.$': 1 }
)

В мангусте:

User.find({ 'id': req.body.myId, 'Friends.id': req.body.id }, { 'Friends.$': 1 }).then(function(myDoc) {
    console.log("_id   :" + myDoc[0].Friends[0].id);
    console.log("gender:" + myDoc[0].Friends[0].gender);
})