Почему на Tesseract OCR влияет верхний ряд из двух пикселей, и как я могу получить последовательные результаты

В этом случае вы можете попробовать установить параметр WorkingDir в {app} в секции [Run]. Например:

[Run]
Filename: "{dotnet40}\InstallUtil.exe"; WorkingDir: "{app}"; Parameters: "WCFService.exe"