Перефразировано с конфликтами слияния: как отменить?

С new_list = my_list у вас фактически нет двух списков. Назначение просто копирует ссылку на список, а не фактический список, поэтому оба new_list и my_list относятся к тому же списку после назначения.

Чтобы на самом деле скопировать список, у вас есть различные возможности :

• Вы можете использовать встроенный метод list.copy() (доступный с python 3.3):

  new_list = old_list.copy()
  

• Вы можете отрезать его:

  new_list = old_list[:]
  

  мнение Алексея Мартелли (по крайней мере, в 2007 году ) об этом означает, что это странный синтаксис, и нет смысла использовать его когда-либо . ;) (По его мнению, следующий более читабель).
• Вы можете использовать встроенную функцию list() :

  new_list = list(old_list)
  

• Вы можете использовать общий copy.copy() :

  import copy
  new_list = copy.copy(old_list)
  

  Это немного медленнее, чем list(), потому что сначала он должен узнать тип данных old_list.
• Если список содержит объекты, и вы также хотите их скопировать, используйте generic copy.deepcopy() :

  import copy
  new_list = copy.deepcopy(old_list)
  

  Очевидно, самый медленный и самый необходимый для памяти способ, но иногда неизбежный.

Пример:

import copy

class Foo(object):
    def __init__(self, val):
         self.val = val

    def __repr__(self):
        return str(self.val)

foo = Foo(1)

a = ['foo', foo]
b = a.copy()
c = a[:]
d = list(a)
e = copy.copy(a)
f = copy.deepcopy(a)

# edit orignal list and instance 
a.append('baz')
foo.val = 5

print('original: %r\n list.copy(): %r\n slice: %r\n list(): %r\n copy: %r\n deepcopy: %r'
      % (a, b, c, d, e, f))

Результат:

original: ['foo', 5, 'baz']
list.copy(): ['foo', 5]
slice: ['foo', 5]
list(): ['foo', 5]
copy: ['foo', 5]
deepcopy: ['foo', 1]