Я запускаю Apache на Ubuntu, и моя проблема в том, что файл /etc/apache2/mods-available/php5.conf
отсутствовал:
<FilesMatch ".+\.ph(p[345]?|t|tml)$">
SetHandler application/x-httpd-php
</FilesMatch>
Я добавил его обратно, а php правильно обрабатывал файлы php.