Объяснение алгоритма FASTA

Я пытаюсь понять основные шаги алгоритма FASTA при поиске похожих последовательностей последовательности запросов в базе данных.Это шаги алгоритма:

1. Определите общие k-слова между I и J
2. Оцените диагонали с совпадениями k-слов, определите 10 лучших диагонали
3. Пересчитайте начальные регионы с помощью матрицы оценок замещения
4. Соедините начальные регионы, используя пробелы, штрафуйте за пробелы
5. Выполните динамическое программирование, чтобы найти окончательное выравнивание

Меня смущают 3-й и 4-й этапы использования PAM250 матрица оценок, и как «соединиться через пробелы».

Может ли кто-нибудь объяснить мне эти два шага «как можно более конкретно». Спасибо