Группировка строк на основе значения столбца и сохранение строки с минимальным значением в R

Вы можете проверить с order и duplicated все из базы R

data = data[order(data$Mean),]
output = data[!duplicated(data[c("U","D")]),]
output
      A    B   C       U   D E        F    G     H  I       Mean        Min        Max
12   NA 2.00 Yes PQR-001 PQR B 11200077 -0.1   1.2  V  0.6914235  0.6907286  0.6919283
2  0.18 0.33 Yes ABC-001 ABC B 22000031  0.0 100.0 us 37.5211111 33.2500000 42.1200000

Если хотите dplyr

library(dplyr)
data %>% group_by(U, D) %>% slice(which.min(Mean))