Поддерживать разную структуру каталогов в разных ветках git

У меня возникла проблема с git. У меня есть репозиторий проекта, который устаревает, и я хочу начать новую версию. Я создал новую ветку (3.0-wip) и удалил файлы и папки, чтобы начать все сначала. Однако, если я проверю свою основную ветку, файлы и папки оттуда тоже исчезнут.

Как я могу организовать репозиторий так, чтобы в моей основной ветке было всё, что есть в удалённой репозитории, но в совершенно другом рабочем каталоге в 3.0-wip, который я могу изменять по своему усмотрению, не уничтожая файлы и папки в любой другой ветке?