В git, с какой скоростью увеличивается размер, если каждое изменение символа является коммитом?

Маскирование данных с помощью nan в том виде, в котором вы это делаете, является хорошим и практичным решением.

Так как 3D-графики matplotlib представляют собой проекции в 2D-пространство, было бы сложно реализовать автоматическое отсечение. Хотя я думаю, что это будет возможно, я не уверен, что это стоит усилий. Во-первых, потому что вам нужно будет обрабатывать разные типы сюжетов по-разному, во-вторых, потому что, по крайней мере, в некоторых случаях, вероятно, окажется, что маскирование данных по-прежнему является лучшим выбором. Теперь выполнение сложного подкласса объектов построения объектов только для того, чтобы сделать то же самое, что можно сделать вручную в одной или двух строках, возможно, слишком велико.

Таким образом, моя ясная рекомендация будет заключаться в использовании решения, которое у вас уже есть. Тем более, что пока у него нет никаких недостатков.