Используйте git orphan в качестве папок и сохраняйте историю

У меня была аналогичная проблема, и для меня она сводилась к добавлению следующих HTTP-заголовков в ответ на принимающий конец:

Access-Control-Allow-Headers: Content-Type
Access-Control-Allow-Methods: GET, POST, OPTIONS
Access-Control-Allow-Origin: *

Вы можете не использовать * на end, но только имя домена хоста, отправляющего данные. Как *.example.com

Но это возможно только при наличии доступа к конфигурации сервера.