Как извлечь фиксированные эффекты lmer путем наблюдения?

У меня есть объект lme, построенный на основе некоторых данных о потреблении питательных веществ с повторными измерениями (два 24-часовых периода приема на RespondentID):

Male.lme2 <- lmer(BoxCoxXY ~ -1 + AgeFactor + IntakeDay + (1|RespondentID),
    data = Male.Data, 
    weights = SampleWeight)

и я могу успешно получить случайные эффекты от RespondentID с использованием ranef (Male.lme1) . Я также хотел бы собрать результат фиксированных эффектов с помощью RespondentID . coef ( Male.lme1) не предоставляет именно то, что мне нужно, как показано ниже.

> summary(Male.lme1)
Linear mixed model fit by REML 
Formula: BoxCoxXY ~ AgeFactor + IntakeDay + (1 | RespondentID) 
   Data: Male.Data 
  AIC   BIC logLik deviance REMLdev
  9994 10039  -4990     9952    9980
Random effects:
 Groups       Name        Variance Std.Dev.
 RespondentID (Intercept) 0.19408  0.44055 
 Residual                 0.37491  0.61230 
Number of obs: 4498, groups: RespondentID, 2249

Fixed effects:
                    Estimate Std. Error t value
(Intercept)         13.98016    0.03405   410.6
AgeFactor4to8        0.50572    0.04084    12.4
AgeFactor9to13       0.94329    0.04159    22.7
AgeFactor14to18      1.30654    0.04312    30.3
IntakeDayDay2Intake -0.13871    0.01809    -7.7

Correlation of Fixed Effects:
            (Intr) AgFc48 AgF913 AF1418
AgeFactr4t8 -0.775                     
AgeFctr9t13 -0.761  0.634              
AgFctr14t18 -0.734  0.612  0.601       
IntkDyDy2In -0.266  0.000  0.000  0.000

Я добавил подогнанные результаты к своим данным, head (Male.Data) показывает

   NutrientID RespondentID Gender Age SampleWeight  IntakeDay IntakeAmt AgeFactor BoxCoxXY  lmefits
2         267       100020      1  12    0.4952835 Day1Intake 12145.852     9to13 15.61196 15.22633
7         267       100419      1  14    0.3632839 Day1Intake  9591.953    14to18 15.01444 15.31373
8         267       100459      1  11    0.4952835 Day1Intake  7838.713     9to13 14.51458 15.00062
12        267       101138      1  15    1.3258785 Day1Intake 11113.266    14to18 15.38541 15.75337
14        267       101214      1   6    2.1198688 Day1Intake  7150.133      4to8 14.29022 14.32658
18        267       101389      1   5    2.1198688 Day1Intake  5091.528      4to8 13.47928 14.58117

Первая пара строк из coef (Male.lme1) :

$RespondentID
       (Intercept) AgeFactor4to8 AgeFactor9to13 AgeFactor14to18 IntakeDayDay2Intake
100020    14.28304     0.5057221      0.9432941        1.306542          -0.1387098
100419    14.00719     0.5057221      0.9432941        1.306542          -0.1387098
100459    14.05732     0.5057221      0.9432941        1.306542          -0.1387098
101138    14.44682     0.5057221      0.9432941        1.306542          -0.1387098
101214    13.82086     0.5057221      0.9432941        1.306542          -0.1387098
101389    14.07545     0.5057221      0.9432941        1.306542          -0.1387098

Чтобы продемонстрировать, как результаты coef соотносятся с подобранными оценками в Male.Data (которые были получены usi ng Male.Data $ lmefits <- fit (Male.lme1) для первого RespondentID с уровнем AgeFactor 9-13: - подогнанное значение 15.22633 , что равно - из коэффициентов - (Intercept) + (AgeFactor9-13) = 14.28304 + 0.9432941

Есть ли у меня умная команда, которую я хочу использовать автоматически, которая заключается в извлечении фиксированной оценки эффекта для каждого объекта, или я сталкиваюсь с серией if утверждений, пытающихся применить правильный уровень AgeFactor к каждому субъекту, чтобы получить правильную оценку фиксированного эффекта, после вычитания вклада случайного эффекта из Intercept?

Обновление, извинения, пытался сократить вывод, который я предоставлял, и забыл о str ( ). Результат:

>str(Male.Data)
'data.frame':   4498 obs. of  11 variables:
 $ NutrientID  : int  267 267 267 267 267 267 267 267 267 267 ...
 $ RespondentID: Factor w/ 2249 levels "100020","100419",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
 $ Gender      : int  1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Age         : int  12 14 11 15 6 5 10 2 2 9 ...
 $ BodyWeight  : num  51.6 46.3 46.1 63.2 28.4 18 38.2 14.4 14.6 32.1 ...
 $ SampleWeight: num  0.495 0.363 0.495 1.326 2.12 ...
 $ IntakeDay   : Factor w/ 2 levels "Day1Intake","Day2Intake": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ IntakeAmt   : num  12146 9592 7839 11113 7150 ...
 $ AgeFactor   : Factor w/ 4 levels "1to3","4to8",..: 3 4 3 4 2 2 3 1 1 3 ...
 $ BoxCoxXY    : num  15.6 15 14.5 15.4 14.3 ...
 $ lmefits     : num  15.2 15.3 15 15.8 14.3 ...

BodyWeight и Gender не используются (это данные для мужчин, поэтому все значения Gender одинаковы), и NutrientID аналогичным образом фиксирован для данных.

Я делал ужасные утверждения ifelse, которые я опубликовал, поэтому немедленно опробую ваше предложение. :)

Update2: это отлично работает с моими текущими данными и должно быть перспективным для новых данных, спасибо DWin за дополнительную помощь в комментарии к этому. :)

AgeLevels <- length(unique(Male.Data$AgeFactor))
Temp <- as.data.frame(fixef(Male.lme1)['(Intercept)'] + 
c(0,fixef(Male.lme1)[2:AgeLevels])[
      match(Male.Data$AgeFactor, c("1to3", "4to8", "9to13","14to18",  "19to30","31to50","51to70","71Plus") )] + 
c(0,fixef(Male.lme1)[(AgeLevels+1)])[
      match(Male.Data$IntakeDay, c("Day1Intake","Day2Intake") )])
names(Temp) <- c("FxdEffct")
6
задан tshepang 14 May 2014 в 20:25
поделиться