Окна возврата каретки и перевода строки и Java-приложение Linux

Я работаю над интеграционным тестовым приложением, это то, что я делаю в тесте кейс, Я читаю тестовый входной файл, который хранится в cvs, записываю его в файл в файловой системе, приложение опрашивает каталог для файла, обрабатывает его и создает выходной файл, и я опрашиваю каталог для выходного файла , тестовый пример считается успешным, если содержимое обоих файлов одинаково (я читаю как входные, так и выходные файлы в строки и сравниваю их).

Проблема в том, что этот тестовый пример не выполняется, когда он запускается в системе Linux, причина в том, что файл, который хранится в cvs, был возвращен из системы Windows, которая содержит CRLF в качестве завершения строки, тогда как сгенерированный выходной файл имеет окончания строки как CR, теперь, когда я читаю эти файлы и сравниваю их по символам, они обнаруживают несоответствие.

мог бы кто-нибудь здесь помочь.