Я подумал, что, возможно, вы можете указать в index.yaml только определенные индексы (а не все возможные, которые GAE автоматически делает для вас).
Если это не очень хорошая идея, то каков другой способ хранения большого количества свойств, кроме хранения дополнительных свойств в виде сериализованного объекта в свойстве большого двоичного объекта.