git clone, произошла ошибка кодирования, относящаяся к utf8

Вы не инициализируете локальный 2D-массив.

int[][] myInt = new int[matrix.length][];
for(int i = 0; i < matrix.length; i++)
{
  myInt[i] = new int[matrix[i].length];
  for (int j = 0; j < matrix[i].length; j++)
  {
    myInt[i][j] = matrix[i][j];
  }
}