Почему Git не отслеживает изменения в подкаталоге?

Я создал git-репозиторий, добавил код и отправил его на GitHub.

Затем локально я отредактировал файл Eila.Analyser/Program.cs, который был добавлен на GitHub в первом коммите, сохранил его и git status говорит, что изменений нет.

Ладно, думаю, наверное, что-то напутал, git reset --hard HEAD, и, как я понимаю, это должно вернуть всё, но мой файл не возвращается.

Поэтому я думаю, что делаю что-то не так. Я редактирую файл в корневой папке, git status- показывает, что есть изменения, работает, как и предполагалось, поэтому он работает с файлами в корневой папке, но не во вложенных папках.

Я упускаю что-то очевидное?

UPDATE: Доказательство, тот файл, который я редактирую, действительно был коммитирован (git log --stat):

если это поможет, картинка дерева:

UPDATE2: Ок, я подумал, что действительно что-то испортил, поэтому я удалил папку, где было моё решение, клонировал ещё раз с gitHub, и мой локальный код по-прежнему отличается от существующего на gitHub, а git status не видит изменений, git log origin/master. .HEAD ничего не даёт.