На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Из командной строки, как установить опцию Java CLASSPATH для указания на один или несколько каталогов, содержащих несколько jar-файлов? Есть ли подстановочные знаки для поддержки рекурсивных каталогов и подкаталогов?
(Мои JAR-файлы отсортированы в нескольких подкаталогах.)