Я новичок в D и хотел бы проанализировать биологический файл формы
>name1
acgcgcagagatatagctagatcg
aagctctgctcgcgct
>name2
acgggggcttgctagctcgatagatcga
agctctctttctccttcttcttctagagaga
>name2
gag ggagag
так, чтобы я мог захватить «заголовки» name1, name2, name3 с соответствующими данными «последовательности»,. .acgcg ... прочее.
Теперь у меня есть this. Но он будет выполнять итерацию только построчно,
import std.stdio;
import std.stream;
import std.regex;
int main(string[] args){
auto filename = args[1];
auto entry_name = regex(r"^>(.*)"); //captures header only
auto fasta_regex = regex(r"(\>.+\n)([^\>]+\n)"); //captures header and correponding sequence
try {
Stream file = new BufferedFile(filename);
foreach(ulong n, char[] line; file) {
auto name_capture = match(line,entry_name);
writeln(name_capture.captures[1]);
}
file.close();
}
catch (FileException xy){
writefln("Error reading the file: ");
}
catch (Exception xx){
writefln("Exception occured: " ~ xx.toString());
}
return 0;
}
Я хотел бы знать хороший способ извлечения заголовка и данных последовательности, чтобы я мог создать ассоциативный массив, где каждый элемент соответствует запись в файле
[name1:acgcgcagagatatagctagatcgaagctctgctcgcgct,name2:acgggggcttgctagctcgatagatcgaagctctctttctccttcttcttctagagaga,.....]