git как очистить клонированный репозиторий и переклонировать

Я использую usb, на который я клонировал свой репозиторий, чтобы я мог переносить свою работу домой и наоборот. Часто с usb возникают проблемы, и репозиторий повреждается. Если я пытаюсь очистить его и переклонировать, он показывает все старые (собственные) файлы как удаленные, а все исходные файлы как измененные.

Я пытался очистить клонированный репозиторий, удалив папку или переименовав ее, или удалив .git и переклонировав, но он все равно показывает старые файлы как удаленные. Есть ли способ исправить это?