R plot3d цветовой градиент легенды

Вот возможное решение, если вы согласны использовать пакет scatterplot3d вместо rgl. Это в основном то же самое, но не интерактивное. Вот ваш код, модифицированный для получения ожидаемого результата.

x           = matrix(NA,100,6)
#x value
x[,1]       = runif(100, 0, 10)
#y value
x[,2]       = runif(100, 0, 10)
#z value
x[,3]       = x[,1]+x[,2]
#additional value
x[,4]       = runif(100, 0, 1)

#find out in which interval each additional value is
intervals   = seq(0,1,1/10)
x[,5]       = findInterval(x[,4], intervals)

#produce gradient of colors
#you can define different colors (two or more)
gradient <- colorRampPalette(colors = c("yellow", "green", "blue"))
colours <- gradient(length(intervals))

x[,6]       = colours[x[,5]]

library(scatterplot3d)
png('3d.png', width = 600, height = 400)
layout(matrix(1:2, ncol=2), width = c(3, 1), height = c(1, 1))
scatterplot3d(as.numeric(x[,1]),as.numeric(x[,2]), as.numeric(x[,3]), type = 'p',
       cex.symbols = 1.25, color=x[,6], pch = 16, xlab = "x(t)", ylab = "y(t)", zlab = "z(t)")
plot(x = rep(1, 100), y = seq_along(x[,6]), 
     pch = 15, cex = 2.5, 
     col = gradient(length(x[,6])), 
     ann = F, axes = F, xlim = c(1, 2))
axis(side = 2, at = seq(1, nrow(x), length.out = 11), 
     labels = 1:11,
     line = 0.15)
dev.off()

Это построит следующий график