Я внимательно просмотрел список переключателей на http://peter.sh/experiments/chromium-command-line-switches/#chrome-frame и не нашел ничего, что могло бы запустить Chrome в скрытом фоновом процессе.
Самое близкое, что я смог сделать, это --keep-alive-for-test
+ пользовательское упакованное приложение, но приложение не может выполнить любой переданный код, потому что (как оно сообщает) "нет окна - ChromeHidden".