JAVA_HOME
не используется java.exe.
Обязательно укажите путь к каталогу Java 6 JRE bin
в переменной окружения PATH, до Java JRE, и перед системным каталогом Windows (system32).
Или вы можете использовать полный путь к команде java:
c:\java6\bin\java com.foo.bar.Main