У меня есть список векторов, созданный в результате выполнения:
import hcluster
import numpy as np
from ete2 import Tree
vecs = [np.array(i) for i in document_list]
где document_list - коллекция веб-документов, которые я анализирую. Затем я выполняю иерархическую кластеризацию:
Z = hcluster.linkage(vecs, metric='cosine')
Это создает ndarray, такой как:
[[ 12. 19. 0. 1. ]
[ 15. 21. 0. 3. ]
[ 18. 22. 0. 4. ]
[ 3. 16. 0. 7. ]
[ 8. 23. 0. 6. ]
[ 5. 27. 0. 6. ]
[ 1. 28. 0. 7. ]
[ 0. 21. 0. 2. ]
[ 5. 29. 0.18350472 2. ]
[ 2. 10. 0.18350472 3. ]
[ 47. 30. 0.29289577 9. ]
[ 13. 28. 0.29289577 13. ]
[ 73. 32. 0.29289577 18. ]
[ 26. 12. 0.42264521 5. ]
[ 5. 33. 0.42264521 12. ]
[ 14. 35. 0.42264521 12. ]
[ 19. 35. 0.42264521 18. ]
[ 4. 20. 0.31174826 3. ]
[ 34. 21. 0.5 19. ]
[ 38. 29. 0.31174826 21. ]]
Возможно ли преобразовать этот ndarray в строку newick, которую можно передать конструктору ete2 Tree(), чтобы я мог рисовать и манипулировать деревом newick, используя инструменты, предоставляемые ete2?
Имеет ли вообще смысл пытаться сделать это, и если нет, то есть ли другой способ создать дерево/дендрограмму, используя те же данные и ete2 (я понимаю, что есть другие пакеты, которые могут строить дендрограммы, такие как dendropy и hcluster, но я бы предпочел все же использовать ete2)?
Спасибо!