Я думаю, что понимаю проблему, и это то, что я хотел бы предложить (короткий пробег - опция):
data <- read.table("data.txt", header=TRUE)
subset <- t(data.frame(data$Rtime, data$Btime))
barplot(subset, legend = c("Rtime", "Btime"), names.arg=data$Input, log="y", beside=TRUE)
Это то, что вы хотите? Это своего рода грязный, но он выполняет эту работу.
Обновление: исправлен код.