Я пытаюсь задокументировать некоторые наборы данных в пакете R, используя roxygen2. Рассмотрим только один из них:
mypkg/data/CpG.human.GRCh37.RDa
CpG.human.GRCh37
и файл с именем: mypkg/R/cpg-data.R
, который содержит:
#' @name CpG.human.GRCh37
#' @title Острова CpG - человек - сборка генома: GRCh37/hg19
#' @description В этом наборе данных перечислены геномные местоположения CpG-островков человека,
#' с координатами, основанными на построении генома GRCh37/hg19.
#' Данные @docType
#' @использование CpG.human.GRCh37
#' @format экземпляр \code{RangedData}, 1 строка на остров CpG.
#' @source Браузер таблиц UCSC
#' @автор Марк Коули, 2012-03-05
#' @экспорт
НУЛЕВОЙ
Когда я roxygenize, создается mypkg/man/CpG.human.GRCh37.Rd
, содержащий:
\docType{data}
\name{CpG.human.GRCh37}
\alias{CpG.human.GRCh37}
\title{CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19}
\format{a \code{RangedData} instance, 1 row per CpG island.}
\source{
UCSC Table Browser
}
\description{
This data set list the genomic locations of human CpG
islands, with coordinates based on the GRCh37 / hg19
genome build.
}
\author{
Mark Cowley, 2012-03-05
}
\usage{CpG.human.GRCh37}
\keyword{datasets}
и export(CpG.human.GRCh37)
добавляется файл NAMESPACE
.
но когда я R CMD CHECK
я получаю:
...
** testing if installed package can be loaded
Error in namespaceExport(ns, exports) :
undefined exports: CpG.human.GRCh37
Error: loading failed
...
Нигде я не говорил R, где найти этот набор данных, хотя я предполагаю, что mypkg/data/
было бы хорошим первым предположением.
Любые подсказки были бы потрясающими.
Если Хэдли наблюдает, я замечаю, что раздел \usage не создается, а директива @usage игнорируется.
Я использую roxygen-2.2.2 на R 2.13.1