Ожидание ввода данных пользователем при запуске R-скрипта в Linux

У меня есть фрагмент кода, который запрашивает ввод данных пользователем и прекрасно работает при запуске кода в Windows. Однако в Linux он выполняет каждую строку, не дожидаясь ввода пользователя.

Я добавил код в отдельную функцию и безуспешно использовал system("stty -echo"). Почему это происходит и что можно сделать? (команда выполнения: Rscript test.R)

require(Biostrings)
read_value <- function(prompt_text = "", prompt_suffix = getOption("prompt"),
                       coerce_to= "character")
{
  prompt <- paste(prompt_text, prompt_suffix)
  system("stty -echo")
  as(readline(prompt), coerce_to)
 }

prints<-function()
{ opt<-as.character(readline(prompt = "Enter parameter values: "))
  system("stty -echo")
  i<-1
  while ((i<=5))
    { if (i==1)
       { expr.filename <- as.character(readline(prompt = "Expression file name: "))
         tryCatch( {expr.file<-read.table(expr.filename)},error=function(e)
             {print("ERROR : Enter valid filename!") return })
       }
      if (i==2)
      {  system("stty -echo")
       fasta.filename <- as.character(readline(prompt = "Fasta file name: "))
       tryCatch( {sequence_data<-read.DNAStringSet(fasta.filename)},error=function(e) 
                {print("ERROR : Enter valid filename!")  return })
      }
     #missing piece of code
    i<-i+1
}