Как сделать так, чтобы DictReader открывал файл с точкой с запятой в качестве разделителя полей?

На массивах нет метода append(). Вместо этого, как уже было сказано, объект List может обслуживать необходимость динамической вставки элементов, например.

List<String> where = new ArrayList<String>();
where.add(ContactsContract.Contacts.HAS_PHONE_NUMBER + "=1");
where.add(ContactsContract.Contacts.IN_VISIBLE_GROUP + "=1");

Или если вы действительно хотите использовать массив:

String[] where = new String[]{
    ContactsContract.Contacts.HAS_PHONE_NUMBER + "=1",
    ContactsContract.Contacts.IN_VISIBLE_GROUP + "=1"
};

, но затем это фиксированный размер, и никакие элементы не могут быть добавлены.