Являются ли постоянные аннотации в объектах предметной области плохой практикой?

Я понимаю, что такие структуры сохранения, как Morphia и Hibernate, полагаются на аннотации к объектам предметной области, чтобы творить чудеса. На каком-то уровне мне кажется, что это вносит проблемы с сохранением на уровень предметной области, чего мы должны избегать.

Следует ли мне попытаться избежать этого, возможно, используя внешний файл конфигурации или, возможно, отделив DTO от модели предметной области? Или эта небольшая утечка между уровнями постоянства и домена обычно считается приемлемой?