Проблемы с переименованием в Git

Мы с другом работаем над проектом по отдельности. Сначала я запихнул папку с именем old-nameи он оттуда вытащил. В середине этого я решил переименовать папку old-nameв new-name, чтобы лучше отличать ее от других проектов, (скажем так, old-nameслишком общий, а new-nameболее конкретный). Поэтому я сказал своему другу переименовать папку его проекта в new-name. И тогда мы работаем отдельно.

Теперь он отправил то, что он сделал, на удаленный сервер (в папку new-name), когда я пытаюсь получить данные с сервера, возникают все эти конфликты (переименовать/добавить)и, по-видимому, теперь есть одна дополнительная копия каждого отдельного файла в проекте new-name.

new-name/index.php (MINE)
new-name/index.php~98789491981agsagasga98a914a98wt (his commit ID I believe)

Мой вопрос: как мы можем решить эту проблему без этой проблемы с переименованием git? Конечно, я могу разрешить конфликт вручную, но слишком много файлов нужно проверить и удалить из-за этой новой дополнительной копии, которую git загрузил в мой репозиторий.

Спасибо