git commit удаляет все файлы в репозитории

Второй раз сегодня git commit -m "don't quit me now"удаляет все мое репо. Итак,:

$ git add.
$ git commit -m "please, be gentle"

[master 7af0e9c] please, be gentle
140 files changed, 0 insertions(+), 3186 deletions(-)
delete mode 100644.DS_Store
delete mode 100644.gitignore
delete mode 100644.rspec
delete mode 100644 Gemfile
...

Я использую Github для Mac вместе с командной строкой и задаюсь вопросом, не ухудшит ли это ситуацию.

$ git checkout
$ git status
# On branch master
# Your branch is ahead of 'origin/master' by 1 commit.
#
# Changes to be committed:
#   (use "git reset HEAD <file>..." to unstage)
#
#   deleted:   .DS_Store
#   deleted:   .gitignore
#   deleted:   .rspec
#   deleted:    Gemfile
#   deleted:    Gemfile.lock