Как автоматически генерировать ответы для System.out.println

Я бы порекомендовал использовать функцию в классе А для получения входных данных один за другим. Затем из класса B выведите строку перед вызовом метода. Таким образом:

public class A {

    private Scanner scan;

    public A() throws FileNotFoundException {
        scan = new Scanner(System.in);
    }

    public void getInput() {
        System.out.println("Enter #");
        int num = scan.nextInt();
    }

}

public class B {

    public B() {

        A runA = new A();

        for(int i=1;i<=9;i++) {
            System.out.println("3");
            runA.getInput();  
        }

    }

    public static void main(String[] args) {
        B runB = new B();
    }

}

Это должно быть то, что вы хотите.

Либо так, либо вы можете напечатать строку выше, где написано scan.nextInt(); в вашем коде.