распараллеливать цикл for for Python 3

Я предполагаю, что вы хотите работать с несколькими файлами одновременно. Для этого лучший способ (на мой взгляд) - использовать multiprocessing. Чтобы использовать это, вам нужно определить элементарный шаг, и это уже сделано в вашем коде.

import numpy as np
import multiprocessing as mp
import os

def compute(file):
    mindex=np.zeros((1200,1200))
    for i in range(1200):
        var1 = xray.open_dataset(file)['variable'][:,i,:].data
        for j in range(1200):
            var2 = var1[:,j]
            ## Mathematical Calculations to find var3[i,j]## 
            mindex[i,j] = var3[i,j]
    return (file, mindex)


if __name__ == '__main__':
    N= mp.cpu_count()

    files = os.scandir(folder)

    with mp.Pool(processes = N) as p:
        results = p.map(f, [file.name for file in files])

Это должно вернуть список элементов results, в котором каждый элемент является кортежем с имя файла и матрицу mindex. При этом вы можете работать с несколькими файлами одновременно. Это особенно эффективно, если вычисление для каждого файла длинное.