Git перечисляет один и тот же файл, измененный и не подготовленный для фиксации?

По какой-то причине Git сообщает мне, что у меня есть файл, который одновременно «должен быть зафиксирован» и «не подготовлен для фиксации»? Это не имеет смысла:

% git status 
# On branch master
# Changes to be committed:
#   (use "git reset HEAD <file>..." to unstage)
#
#   modified:   Dir1/Dir2/filename.cpp
#
# Changes not staged for commit:
#   (use "git add <file>..." to update what will be committed)
#   (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)
#
#   modified:   Dir1/Dir2/filename.cpp

Dir1, Dir2и filename.cppопределенно являются одним и тем же файлом. Мне пришлось снова добавить filename.cpp, чтобы оно отображалось как изменение, которое нужно зафиксировать (после того, как оно изначально было в репозитории). Единственное, что могло вызвать проблему, это то, что я спрятал pull --rebase, а затем вытащил тайник? .gitignoreнигде не перечисляет Dir1, Dir2или filename.cpp, и шаблоны не предполагают, что они поймают этот файл?