Сборка пакета R: нет видимого определения глобальной функции для «субъекта»

Я собираю R-пакет в первый раз и у меня возникли проблемы. Я выполняю проверку R CMD и получаю следующую ошибку:

get.AlignedPositions: no visible global function definition for 'subject'

Я не уверен, что вызывает это. У меня даже нет переменной "subject" в моем коде. Код довольно длинный, поэтому я не буду вставлять его целиком, если кто-то не спросит в комментарии. Есть ли что-то конкретное, что я должен искать? Единственное, о чем я могу думать, так это о том, что у меня есть такая строка:

alignment <-pairwiseAlignment(pattern = canonical.protein, subject=protein.extracted, patternQuality=patternQuality,
                            subjectQuality=subjectQuality,type = type, substitutionMatrix= substitutionMatrix,
                            fuzzyMatrix=fuzzyMatrix,gapOpening=gapOpening,gapExtension=gapExtension,
                            scoreOnly=scoreOnly)

, но тема определяется функцией pairwiseAlignmentв пакете Biostrings. Спасибо за помощь!