R – Нужна помощь в ускорении цикла for
У меня есть два фрейма данных; один состоит из 48 строк и выглядит следующим образом:
name = Z31
Est.Date Site Cultivar Planting
1 24/07/2011 Birchip Axe 1
2 08/08/2011 Birchip Bolac 1
3 24/07/2011 Birchip Derrimut 1
4 12/08/2011 Birchip Eaglehawk 1
5 29/07/2011 Birchip Gregory 1
6 29/07/2011 Birchip Lincoln 1
7 23/07/2011 Birchip Mace 1
8 29/07/2011 Birchip Scout 1
9 17/09/2011 Birchip Axe 2
10 19/09/2011 Birchip Bolac 2
Другой имеет > 23000 строк и содержит выходные данные симулятора. Это выглядит так:
name = pred
Date maxt mint Cultivar Site Planting tt cum_tt
1 5/05/2011 18 6.5 Axe Birchip 1 12.25 0
2 6/05/2011 17.5 2.5 Axe Birchip 1 10 0
3 7/05/2011 18 2.5 Axe Birchip 1 10.25 0
4 8/05/2011 19.5 2 Axe Birchip 1 10.75 0
5 9/05/2011 17 4.5 Axe Birchip 1 10.75 0
6 10/05/2011 15.5 -0.5 Axe Birchip 1 7.5 0
7 11/05/2011 14 5.5 Axe Birchip 1 9.75 0
8 12/05/2011 19 8 Axe Birchip 1 13.5 0
9 13/05/2011 18.5 7.5 Axe Birchip 1 13 0
10 14/05/2011 16 3.5 Axe Birchip 1 9.75 0
Я хочу, чтобы столбец cum_tt начал добавлять столбец tt текущей строки к cum_tt предыдущей строки (кумулятивное добавление) ТОЛЬКО, если дата в предыдущая DF равна или больше, чем Z31 est.Date. Я написал следующий цикл for:
for (i in 1:nrow(Z31)){
for (j in 1:nrow(pred)){
if (Z31[i,]$Site == pred[j,]$Site & Z31[i,]$Cultivar == pred[j,]$Cultivar & Z31[i,]$Planting == pred[j,]$Planting &
pred[j,]$Date >= Z31[i,]$Est.Date)
{
pred[j,]$cum_tt <- pred[j,]$tt + pred[j-1,]$cum_tt
}
}
}
Это работает, но настолько медленно, что выполнение всего набора займет около часа. Я знаю, что циклы не являются сильной стороной R, поэтому может ли кто-нибудь помочь мне с векторизацией этой операции?
Заранее спасибо.
ОБНОВЛЕНИЕ
Вот вывод dput(Z31):
структура(список(Est.Date = структура(c(15179, 15194, 15179, 15198,
15184, 15184, 15178, 15184, 15234, 15236, 15230, 15238, 15229,
15236, 15229, 15231, 15155, 15170, 15160, 15168, 15165, 15159,
15170, 15170, 15191, 15205, 15198, 15203, 15202, 15195, 15203,
15206, 15193, 15193, 15195, 15200, 15193, 15205, 15200, 15205,
15226, 15245, 15231, 15259, 15241, 15241, 15241, 15241), класс = "Дата"),
Сайт = структура (c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1л, 1л, 1л, 1л, 1л, 1л, 2л, 2л, 2л, 2л, 2л, 2л, 2л, 2л, 2л,
2л, 2л, 2л, 2л, 2л, 2л, 2л, 3л, 3л, 3л, 3л, 3л, 3л, 3л, 3л,
3л, 3л, 3л, 3л, 3л, 3л, 3л, 3л), .Метка = c("Березка", "Гаттон",
«Тарли»), класс = «фактор»), сорт = структура (c (1L,
2л, 3л, 4л, 5л, 6л, 7л, 8л, 1л, 2л, 3л, 4л, 5л, 6л, 7л, 8л,
1л, 2л, 3л, 4л, 5л, 6л, 7л, 8л, 1л, 2л, 3л, 4л, 5л, 6л, 7л,
8л, 1л, 2л, 3л, 4л, 5л, 6л, 7л, 8л, 1л, 2л, 3л, 4л, 5л, 6л,
7L, 8L), .Label = c("Топор", "Болак", "Дерримут", "Иглхок",
«Григорий», «Линкольн», «Булава», «Разведчик»), класс = «фактор»),
Посадка = c(1л, 1л, 1л, 1л, 1л, 1л, 1л, 1л, 2л, 2л, 2л,
2л, 2л, 2л, 2л, 2л, 1л, 1л, 1л, 1л, 1л, 1л, 1л, 1л, 2л, 2л,
2л, 2л, 2л, 2л, 2л, 2л, 1л, 1л, 1л, 1л, 1л, 1л, 1л, 1л, 2л,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L)), .Names = c("Est.Date", "Site",
"Сорт", "Посадка"), row.names = c(NA, -48L), class = "data.frame")
Вот пред. Обратите внимание, что здесь есть несколько дополнительных столбцов. Я только что включил соответствующие из них выше для удобства чтения.
structure(list(Date = structure(c(15099, 15100, 15101, 15102,
15103, 15104, 15105, 15106, 15107, 15108, 15109, 15110, 15111,
15112, 15113, 15114, 15115, 15116, 15117, 15118), class = "Date"),
flowering_das = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Zadok = c(9, 9,
9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 11, 11.032, 11.085,
11.157), stagename = structure(c(8L, 8L, 8L, 8L, 8L, 8L,
8L, 8L, 9L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 1L, 3L, 3L, 3L), .Label = c("emergence",
"end_grain_fill", "end_of_juvenil", "floral_initiat", "flowering",
"germination", "maturity", "out", "sowing", "start_grain_fi"
), class = "factor"), node_no = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2.032, 2.085, 2.157), maxt = c(18,
17.5, 18, 19.5, 17, 15.5, 14, 19, 18.5, 16, 16, 15, 16.5,
16.5, 20.5, 23, 25.5, 16.5, 16.5, 15), mint = c(6.5, 2.5,
2.5, 2, 4.5, -0.5, 5.5, 8, 7.5, 3.5, 6, 1, 5.5, 2, 7, 7,
9, 13.5, 11.5, 8.5), Cultivar = c("Axe", "Axe", "Axe", "Axe",
"Axe", "Axe", "Axe", "Axe", "Axe", "Axe", "Axe", "Axe", "Axe",
"Axe", "Axe", "Axe", "Axe", "Axe", "Axe", "Axe"), Site = c("Birchip",
"Birchip", "Birchip", "Birchip", "Birchip", "Birchip", "Birchip",
"Birchip", "Birchip", "Birchip", "Birchip", "Birchip", "Birchip",
"Birchip", "Birchip", "Birchip", "Birchip", "Birchip", "Birchip",
"Birchip"), Planting = c("1", "1", "1", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1",
"1"), `NA` = c("Birchip TOS1 Axe.out", "Birchip TOS1 Axe.out",
"Birchip TOS1 Axe.out", "Birchip TOS1 Axe.out", "Birchip TOS1 Axe.out",
"Birchip TOS1 Axe.out", "Birchip TOS1 Axe.out", "Birchip TOS1 Axe.out",
"Birchip TOS1 Axe.out", "Birchip TOS1 Axe.out", "Birchip TOS1 Axe.out",
"Birchip TOS1 Axe.out", "Birchip TOS1 Axe.out", "Birchip TOS1 Axe.out",
"Birchip TOS1 Axe.out", "Birchip TOS1 Axe.out", "Birchip TOS1 Axe.out",
"Birchip TOS1 Axe.out", "Birchip TOS1 Axe.out", "Birchip TOS1 Axe.out"
), tt = c(12.25, 10, 10.25, 10.75, 10.75, 7.5, 9.75, 13.5,
13, 9.75, 11, 8, 11, 9.25, 13.75, 15, 17.25, 15, 14, 11.75
), cum_tt = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0)), .Names = c("Date", "flowering_das", "Zadok",
"stagename", "node_no", "maxt", "mint", "Cultivar", "Site", "Planting",
NA, "tt", "cum_tt"), row.names = c(NA, 20L), class = "data.frame")
ОБНОВЛЕНИЕ
Спасибо всем за помощь. Я все еще новичок в векторном способе ведения дел, и я не смог вовремя реализовать некоторые из более сложных решений. У меня есть время ниже для того, как предложил Сабы. Это достаточно быстро, чтобы делать то, что мне нужно. Это число в секундах для одной итерации Z над P.
мой путь: 59,77
Subs: 14,62
Subs, использующие числовую дату: 11,12