IBM Cloud, как увеличить лимит одновременных запросов

Для вашей ячейки updateItem(...) вашей фабрики необходимо обработать случай, когда ячейка пуста. Это будет именно тот сценарий, когда элемент удаляется (или становится пустым, потому что узел в TreeView был свернут), и ячейка, которая ранее показывала элемент, повторно используется как пустая ячейка:

public ListCell<T> call(final ListView<T> param) {
    ListCell<T> cell = new ListCell<T>(){
        @Override
        protected void updateItem(final T persistentObject, final boolean empty) {
            super.updateItem(persistentObject, empty);
            if (empty) {
                setText(null);
                setGraphic(null);
            } else {
                // ... rest of your code.
            }
       }
    }
    return cell ;
}