Не могу комментировать, потому что у меня недостаточно очков репутации, но перекодировка работает только с вектором, поэтому приведенный выше код в ответе @ Стефано должен быть
df <- iris %>%
mutate(Species = recode(Species,
setosa = "SETOSA",
versicolor = "VERSICOLOR",
virginica = "VIRGINICA")
)